Die Kirche der Mutter Gottes war eine frühchristliche Kirche, die sich am Hafen von Vrsar befand, südöstlich zu der Kirche Ankündigung der gesegneten Jungfrau Maria. Die Reste dieser Kirche wurden 1935 entdeckt und sind der älteste Teil dieses Komplexes, der aus der rustikalen römischen Architektur des IV. Jahrhunderts hervorgegangen ist.
Die Kirche selbst war eine typische frühchristliche spätantike Basilika, 15,2 m lang und 9,3 m breit. Sie hatte einen viereckigen Grundriss mit einer schrägen Fassadenwand. Später wurde an die Kirche eine hervortretende Apsis angebaut, die von Innen halbkreisförmig, von außen jedoch polygonal war. Der Boden der Apsis war zwei Stufen höher als der übrige Boden im Kirchenraum. Die Konche der Apsis war aus länglichen kleinen Amphoren gearbeitet, während die Konstruktion des sicher vorhandenen Triumphbogens noch nicht völlig geklärt ist (es ist nicht sicher ob er auf einem Pfeiler ruhte oder sich auf die Wand stützte). Das Nartex bzw. das Eingangstriem der Basilika (schmale viereckige Vorhalle neben der Fassade, vorgesehen für Ungetaufte und Büßer) erstreckte sich entlang der gesamten Fassade der Kirche. Der Eingang in die Kirche wurde auf der Außenseite von zwei Lezenen, die die Konstruktion der Wand am Hauptaltar verstärkten flankiert.
Die Kirche der Mutter Gottes ist der älteste Teil dieses Komplexes der aus der rustikalen römischen Architektur des IV. Jahrhunderts hervorgegangen ist. The Church of the Mother of God is the oldest part of the complex erected on the rustic Roman architecture from the 4th century.
Der Boden der Kirche war mit einem Mosaik, das zum Boden der frühchristlichen Kirche gehörte, geschmückt. Diese mehrfarbigen Bodenmosaiken nannte man Mosaiken von Vrsar. Ein Fries von zwei Bändern bestand aus einem Geflecht von abwechseln kleinen und großen Kreisen, die in beiden Richtungen parallel liefen und zwischen ihnen befanden sich stilisierte Rosetten aus Pflanzenmotiven. In den Kreisen wechseln Pflanzen- und Tiermotive, die längs und quer symmetrisch angeordnet waren und sich im Schmuck der Bodenmitte trafen. Das Mosaik ist dekorativ und charakteristisch für die Einfachheit der Verzierungen wie man sie in der frühen Phase der christlichen Architektur an der oberen Adria antrifft.
An der gesamten Länge der Kirche verlief an ihrer rechten bzw. nördlichen Seite ein länglicher Nebenraum der prothesis genannt wird. An der Südseite verlief ein diaconicon, ein Raum der der heutigen Sakristei entspricht. An die Kirche waren noch zwei Räume angebaut, von denen einer als Wasserreservoir diente, der andere der ritualen Wäsche der Priesterschaft vor der Durchführung der Liturgie. M. Mirabella Robert hat das Bestehen eines polygonalen Taufbeckens an der westlichen Seite bestätigt, während sich an der südöstlichen Seite des Komplexes Wohngebäude befanden.
