Prvokršćansko je jednobrodno zdanje podignuto u VI. stoljeću pod Bizantom. Crkva ima elemente bizantskog, franačkog i romaničkog sloga gradnje. U neposrednoj blizini pronađen je pleter i tipična predromanička i romanička ornamentika koja pripada upravo ovoj crkvi, a datira u IX. stoljeće. Smatra se da je starija crkva svetog Mihovila iz Kloštra poslužila kao uzor izgradnji drugih romaničkih crkava na području Porečke biskupije.
Manja crkva svetog Mihovila arkanđela u Kloštru je prvokršćanska građevina bizantskoga sloga i tipičnih bizantskih oblika koji su svojstveni zapadnoistarskoj obali. Unutrašnjost crkve raščlanjena je lukovima što odstupa od koncepta jedinstvenosti prostora prvokršćanskih građevina. Izvana završava osobitom poligonalnom apsidom pokrivenom pravilnim kamenim škriljama, dok je ta ista apsida iznutra polukružna. Lađa joj je presvođena teškim svodom koji podržavaju nevješto izvedeni lukovi, dok je vanjski zid poduprt jasno vidljivim kontraforima. Mali prostor polukružne apside bio je nekoć osvijetljen razmjerno velikim polukružnim prozorom (svjetlik) koji je sada zazidan. I ova je crkva izvorno bila oslikana freskama. Freske koje su postojale u crkvi nastale su u doba romanike, vjerojatno kada i kontrafori koji se vide na južnom (vanjskom) zidu ove crkve, a koji je danas nosivi zid veće crkve.
Manja crkva svetog Mihovila arkanđela u Kloštru je prvokršćanska građevina bizantskoga sloga i tipičnih bizantskih oblika koji su svojstveni zapadnoistarskoj obali.
Crkva je zasigurno bila napuštena i zarušena u ranom srednjem vijeku, možda tijekom avarsko-slavenskih provala. Obnovljena je u IX. ili X. ili najkasnije do sredine XI. stoljeća kada je sagrađen bačvasti svod koji još uvijek postoji budući da se takvi svodovi u arhitekturi Istre pojavljuju tijekom IX. i X. stoljeća. To su izvorni izričaji starohrvatske arhitekture nastali pod utjecajem graditeljstva iz Dalmacije. Izvorna bizantska građevina bila je posvećena Majci Božjoj, a ne treba smetnuti s uma da je oko crkve bilo starohrvatsko groblje, što dokazuje činjenicu da je hrvatsko stanovništvo vrlo rano bilo naseljeno na području oko današnjega Kloštra. Iz ove crkve potječe oltarna pregrada koja se može datirati u IX. stoljeće. Ona je vjerojatno izrađena u doba romaničke obnove crkve. U to je vrijeme pokršteno hrvatsko stanovništvo opremilo crkvu novim namještajem.
