Crkva Majke Božje prvokršćanska je crkva koja se nalazila u vrsarskome pristaništu, jugoistočno do postojeće crkve Navještenja Blažene Djevice Marije. Ova crkva nije postojeća, a njezini ostaci otkriveni su 1935. godine. Crkva Majke Božje najstariji je dio ovoga kompleksa koji je iznikao na rustičnoj rimskoj arhitekturi iz IV. stoljeća.
Sama crkva bila je tipična prvokršćanska kasnoantička bazilika duga 15,2 m i široka 9,3 m. Imala je pačetvorinast tloris s koso položenim pročelnim zidom. Kasnije je crkvi dograđena izbočena apsida koja je s unutarnje strane imala polukružan oblik, dok je s vanjske strane bila poligonalna. Pod apside bio je povišen za dvije stube od poda crkvenog prostora. Konha apside bila je izrađena s duguljastim amforicama, dok konstrukcija sigurno postojećeg trijumfalnog luka nije u cijelosti razriješena (nije jasno je li počivao na stupovlju ili se upirao o zid). Narteks, odnosno ulazni trijem bazilike (usko pravokutno predvorje uz pročelje, određeno za nekrštene i pokajnike) protezao se duž cijele pročelne strane crkve. Ulaz u crkvu s vanjske strane bio je flankiran dvjema lezenama koje su pojačavale konstrukciju zida kod glavnog ulaza u crkvu.
Crkva Majke Božje najstariji je dio kompleksa koji je iznikao na rustičnoj rimskoj arhitekturi iz IV. stoljeća
Pod crkve bio je ukrašen mozaikom. Mozaik je pripadao podu prvokršćanske crkve svete Marije. Riječ je o višebojnim podnim mozaicima koji su prozvani Vrsarskim mozaikom. Dvotračnom vrpcom izrađen je splet izmjenično postavljenih malih i velikih kružnica koje su paralelne u oba smjera, a između njih se nalaze stilizirane rozete biljnih motiva. U kružnicama se izmjenjuju biljni, životinjski i ljudski motivi koji su uzduž i poprijeko simetrično postavljeni centrirajući se u ukrasu na sredini poda. Mozaik je dekorativan, a obilježava ga jednostavnost ukrasa kakvi se susreću na podnim mozaicima iz ranije faze kršćanske arhitekture na gornjem Jadranu.
Cijelom dužinom crkve s njezine desne strane (gledano od svetišta prema vratima), odnosno sa sjeverne strane, protezala se duguljasta pokrajnja prostorija koja se naziva prothesis. S južne strane nalazio se prostrani diaconicon, prostorija koja odgovara današnjem poimanju sakristije. Crkvi su bile prigrađene još dvije prostorije, od kojih je jedna služila kao spremište za vodu, a druga za ritualno pranje svećenstva prije obavljanja obreda. M. Mirabella Roberti utvrdio je postojanje poligonalnog catechumeneuma (krstionice) sa zapadne strane, dok su se na jugoistočnoj strani kompleksa nalazile stambene prostorije.
